在美国建国两百多年的历史上，先后通过了27项宪法修正案，其中第12修正案与1800年总统大选有直接关系。1800年大选时民主共和党推出托马斯·杰斐逊与阿龙·伯尔竞选总统与副总统，结果两人获得相同票数，根据当时的法律，由众议院裁决杰斐逊当选总统、伯尔当选副总统。这次大选暴露了宪法中有关总统选举的规定缺陷，因此大选过后迅速通过了新的宪法修正案。
美国建国后通过的宪法在第2章第1款中规定：总统大选时，得到选举人票数最多、且票数等同或超过选举人票半数者当选总统、其次者当选副总统，如果得票最多者的票数相等，则由众议院投票决定。
1800年大选时，时任副总统杰斐逊（Thomas Jefferson）代表民主共和党（Democratic-Republican Party）与时任总统约翰·亚当斯（John Adams）展开竞选，亚当斯代表联邦党（Federalist Party）；而与杰斐逊搭档竞选总统宝座的是伯尔（Aaron Burr），当时并没有规定投给总统、副总统的票要分开，只是规定最高票获得者为总统、次高票获得者为副总统，为了保证杰斐逊当选总统，民主共和党要求党员选举人将所有的票投给杰斐逊并少投伯尼一票，但不知何故此番操作出现了失误，结果杰斐逊与伯尼都得了73票，而亚当斯得了65票。因此，总统必须由众议院在杰斐逊及伯尼两人中选出一个。
当时的众议院由联邦党人控制，联邦党人对本党在选举中的结果深感失望，不得不在民主共和党人中选择总统，5天内经过35轮投票，杰斐逊与伯尼都没有达到超过半数票才可以当选总统的要求，投票陷入胶着状态。不少联邦党议员不喜欢杰斐逊，宁愿选择伯尼，但备受尊重的联邦党领袖亚历山大·汉密尔顿（Alexander Hamilton）很讨厌伯尼，他竭力游说本党议员投杰斐逊的票，表示杰斐逊当选总统对本党来说相对好一些，结果在1801年2月17日的第36轮投票中，杰斐逊以超过半数的多数票当选总统，伯尼当选副总统。
汉密尔顿支持杰斐逊当选总统让伯尔怀恨在心，这也是导致他与汉密尔顿在1804年7月11日决斗的重要原因之一，决斗结果汉密尔顿身负重伤，回到家中后第二天不治身亡。伯尔以时任副总统身分与前任财政部长决斗成为当时轰动一时的新闻，纽约州与新泽西州以谋杀罪起诉伯尔，但最后罪名都不成立。
1800年大选过后，有关修改宪法对总统选举规定的最初动议于1801年3月在纽约州的议会被提了出来，此后经过一系列步骤，国会也在1802年初开始辩论有关话题。经过国会议员的多次辩论修改，1803年12月9日国会通过了宪法第12修正案，修正案的主要内容是明确规定投给总统与副总统的票必须分开写明，这样就彻底改变了此前总统副总统并在一起投票而以得票多少区分的规定。
根据宪法，国会通过的宪法修正案还必须经过四分之三的州批准，1803年12月22日北卡罗来纳州（North Carolina）首先批准了第12宪法修正案，到了1804年6月15日，新罕布什尔州（New Hampshire）成为第13个批准第12宪法修正案的州。当时共有17个州，新罕布什尔州通过修正案后，从法律上说已经达到了四分之三的多数，第12宪法修正案正式成为法律。在接下来的1804年大选时，总统、副总统选举方式便按照第12宪法修正案实施。
